タイトルに示した通り、両聖銃の記述内に問題点が見つかりましたので指摘致します。
／＊／
天照：
ttp://nazomoe.pun.jp/?%C5%B7%BE%C8
>設定上は蒼い聖銃
月読：
ttp://nazomoe.pun.jp/?%B7%EE%C6%C9
>設定上は赤い聖銃
上述は、２丁の聖銃の色設定に関する記述であり、同様の記述は公式記録に準ずるとされる、
“情報集積所「世界の謎」”においても確認されております。
天照（世界の謎）：ttp://cwtg.jp/wiki1/?%C5%B7%BE%C8
月読（世界の謎）：ttp://cwtg.jp/wiki1/?%B7%EE%C6%C9
しかし資料を整理してみた所、聖銃名（型番含む）、寄生先、色情報の３点が公式情報として明確に関連付けられた資料は存在せず、
いずれも断片的な情報として提示されたものに留まる状況となっていました。
尚、この問題についてはゲーム“幻世虚構 精霊機導弾”の映像も資料とはならない事を付記致します。
ゲーム中の映像でのＰＣは“黒”と“銀”をメインカラーとする異形の戦士と化しており、
外見の形状が同一である事に加え、聖銃それ自体の色を捕捉出来ない状態となっている為、
“どちらがネルでシーナか”という情報の確認は事実上不可能となっています。
そこで明言が確認された情報を整理すると、
>設定ではネルは蒼い聖銃
>シーナは赤い聖銃
（“世界の謎”より。引用元である“精霊機導弾ワールドガイダンス”該当記事からも同様の記述が確認されている）
>Np-03a“天照”…日本の太陽神の名を冠したネルの聖銃。後にクーラ・ベルカルドを生む。
>Np-03b“月読”…日本の月神の名を冠したシーナの聖銃。後に黒い月の核となる。
（アルファ・システム サーガ。主にP.111より）
…以上の記述から、現在通説となっている“天照＝青”“月読＝赤”の図式はこれらの資料、
乃至、これらの資料が基とした原典を整理する事で“組み立てられた解答”であると考えられます。
しかし“アルファ・システム サーガ”の刊行以前に完全閉鎖＝情報の改変や上書きが不可能となった“精霊機導弾ＢＢＳ”において、
芝村氏名義での公式回答として
>ネルとシーナの聖銃はどちらが天照でどちらが月読ですか？
>（芝村氏回答）赤が太陽。青が月です。
とするやり取りが存在した事が確認されております。
現在、直接資料はログが散逸しており、正規の手段で原典を確認する事は困難ですが、
複数の個人サイトによる記録から、この情報が“かつて存在した”事が指摘されております。
また、現在に至るまでの資料において、この情報以外に“天照”と“月読”の色に言及する、
当該情報を上書き・改変し得る情報が、少なくとも確認可能な形で出ていない事を勘案すると、
この情報の有意性は揺らいでいない事が指摘されます。
よって、この回答を適用すると“太陽神である天照”が“赤”、“月神である月読”が“青”となり、
“精霊機導弾ワールドガイダンス”において詳述された“設定ではネルは蒼い聖銃、シーナは赤い聖銃”とする記述について、
“ネルの聖銃＝青＝月読”
“シーナの聖銃＝赤＝天照”
とする構造が成立します。
これは“アルファ・システム サーガ”以降の定説となっている、
“天照は『ネル』とベルカインの遺伝情報からクーラ・ベルカルドを生んだ”、
“月読は『シーナ』の聖銃であり、黒い月の核となった”とする説の根底を覆すものと言え、
本来“ネルとベルカイン”の遺伝情報を天照が仲介する事で生む筈であったクーラ・ベルカルドの生誕が歪む事で、
“現在、クーラ・ベルカルドが存在しない”とされた情報の裏付けとなる事が考えられる他、
“ガンパレード・マーチ”等の資料で触れられる“幻獣穏健派の中心（幻獣の姫君）”として、
“ネル”ではなく“シーナ”が表れる事についても、
“黒い月≒絶対物理防壁を展開している月読”から、わざわざシーナのクローンを作り出すのは無理がある。
→そもそも天照の所有者が“シーナ”であるなら問題は無い。
…のように、論理的整合性を得ている事が考察されております。
問題は、アルファ・システム サーガの資料的価値が揺らぐ事となりますが、
〜サーガの資料的正当性については“頂天のレムーリア”におけるロイ・バウマンの発言等から、
兼ねてより検閲・改ざんの形跡が指摘されており、この部分についてもその発露であるとして説明が可能になっている事が指摘されます。
例：
ttp://cwtg.jp/bbs1/wforum.cgi?pastlog=0001&no=323&act=past&mode=allread#325
（固定ＵＲＬ機能使用不可につき、元ＵＲＬの記述とさせて頂いております。ご了承下さい）
以上を踏まえ“天照”及び“月読”の項について、
聖銃の色は、少なくとも確度の高い資料に基づく限りにおいて“赤”と“青”の記述が逆である事を指摘致します。
尚、上述した指摘、並びに各種の傍証となる検証については、
詳細を“黒天の羅針盤”、第２章、項目“２−２．“最初の時間犯罪”で何が起きたか”にまとめております。
（記事ＵＲＬ：ttp://wikiwiki.jp/kokuten/?%CA%F3%B9%F0%BD%B8%A1%A6%C6%C3%C0%DF%B5%AD%BB%F6%A1%C8%C1%B0%A1%C9）